酒曲
1.酒曲中的主要微生物
传统的黄酒酿造是以小曲（酒药）、麦曲或红曲作糖化发酵剂，即利用它们所含的多种微生物来进行混合发酵。
(1)曲霉菌。曲霉菌主要存在于麦曲、酒药中，在黄酒酿造中起糖化作用，其中以黄曲霉（或米曲霉）为主，还有较少的黑曲霉菌等微生物。
黄酒工业常用的黄曲霉菌种有3800、苏-16等，黑曲霉菌有3758、As3. 4309等。
黄曲霉菌能产生丰富的液化型淀粉酶和蛋白质分解酶。液化型淀粉酶能分解淀粉产生糊精、麦芽糖和葡萄糖，该酶一般不耐酸，在黄酒发酵过程中，随着酒醪pH的下降其活性较快地丧失，并随着被作用的淀粉链的变短而分解速度减慢。蛋白质分解酶对原料中的蛋白质进行水解形成多肽、短肽及氨基酸等含氮化合物，能赋予黄酒以特有的风味并提供给酵母作为营养物质。
黑曲霉菌主要产生糖化型淀粉酶，该酶有规则地水解淀粉生成葡萄糖，并耐酸，因而糖化持续性强，酿酒时淀粉利用率高。黑曲霉产生的葡萄糖苷转移酶，能使可发酵性的葡萄糖通过转苷作用生成不发酵性的异麦茅糖或潘糖，降低出酒率而加大酒的醇厚性。黑曲霉的孢子常会使黄酒加重苦味。
(2)根霉菌。根霉菌是黄酒小曲（酒药）中含有的主要糖化菌。根霉糖化力强，几乎能使淀粉全部水解成葡萄糖，还能分泌乳酸、琥珀酸和延胡索酸等有机酸，降低培养基的pH，抑制产酸细菌的侵袭，并使黄酒口味鲜美丰满。
用于黄酒生产的根霉菌种主要有：Q303、3.851、3.852、3.866、3.867、3.868等。
(3)红曲霉。红曲霉菌是生产红曲的主要微生物，由于它能分泌红色素而使曲呈现紫红色。红曲霉菌喜潮湿，耐酸，最适pH为3.5~5.0，在pH3.5时，能压倒一切霉菌而旺盛生长，使不耐酸的霉菌抑制。红曲霉菌所耐最低pH为2.5，耐10%的酒精，能产生淀粉酶、蛋白酶等，水解淀粉最终生成葡萄糖，并能产生柠檬酸、琥珀酸、乙醇，还分泌红色素或黄色素等。
用于酿酒的红曲霉菌主要有As3. 555、As3. 920、As3. 972、As3. 976、As3. 986、As3. 987、As3. 2637。
(4)酵母菌。绍兴黄酒采用淋饭法制备酒母，通过酒药中酵母菌的扩大培养，形成酿造摊饭黄酒所需的酒母醪，这种酒母醪实际上包含着多种酵母菌，不但有发酵酒精成分昀，还有产生黄酒特有香味物质的不同酵母菌株。
新工艺黄酒使用的是优良纯种酵母菌，不但有很强的酒精发酵力，也能产生传统黄酒的风味，其中As2.1392是酿造糯米黄酒的优良菌种，该菌能发酵葡萄糖、半乳糖、蔗糖、麦芽糖及棉子糖产生酒精并形成典型的黄酒风味。其抗杂菌污染能力强，生产性能稳定，在国内普遍使用。另外，M-82、AY系列黄酒酵母菌种等都是常用的优良黄酒酵母菌。
(5)细菌。细菌在黄酒酿造中主要以有害菌的形式出现，常见的有害细菌有醋酸菌、乳酸菌和枯草芽孢杆菌等，尤其是乳酸杆菌的生理特性能适应黄酒发酵的环境，容易导致黄酒发酵醪的酸败。
细菌大多来自曲和酒母及原料、环境、设备，因此，生产中必须严格工艺操作，注意消毒灭菌，保持生产环境的清洁卫生；加强纯种制备和黄酒发酵过程检测，保证酒母的纯粹和控制发酵中的杂菌数量，从而有效地防止有害微生物的污染。
2.麦曲
麦曲是指在破碎的小麦粒上培养繁殖糖化菌而制成的黄酒生产糖化剂。
麦曲分为块曲和散曲，块曲主要是踏曲、挂曲、包草曲等，一般经自然培养而成；散曲主要有纯种生麦曲、爆麦曲、熟麦曲等，常采用纯种培养制成。麦曲在黄酒酿造中的作用主要有两点：一是利用麦曲中各种酶，主要是淀粉酶和蛋白酶，促使原料中的淀粉和蛋白质等大分子物质水解；二是利用麦曲内积蓄的微生物代谢产物，给予黄酒独特的风味。因此麦曲质量的优劣直接影响着黄酒的质量和产量。
3.酒药
酒药又称小曲、酒饼、白药等，主要用于生产淋饭酒母或以淋饭法酿制甜黄酒。酒药作为黄酒生产的糖化发酵剂，它含有的主要微生物是根霉、毛霉、酵母及少量的细菌和梨头霉等。
酒药具有制作简单，贮存使用方便，糖化发酵力强而用量少的优点。
酒母
黄酒酿造的发酵剂为酒母。
1.酒母的类别
酒母根据培养方法可分为两大类。一是用酒药通过淋饭酒醅的制造自然繁殖培养酵母菌，这种酒母称为淋饭酒母。二是用纯粹的黄酒酵母菌，通过纯种逐级扩大培养，增殖到发酵所需的酒母醪量，称之为纯种培养酒母。
纯粹黄酒酵母菌制备的酒母，按制备方法不同，又分为速酿酒母和高温糖化酒母，常用于新工艺黄酒的大罐发酵。
2.黄酒发酵用酵母菌的特性
(1)发酵力。要求酵母菌所含酒化酶强，发酵迅速并有持续牲。
(2)繁殖力。要求具有较强的繁殖能力，繁殖速度快。
(3)抗逆性。要求抗酒精能力强，耐酸、耐温、耐高浓度和渗透压．并有一定的抗杂菌能力。
(4)酒质好。要求发酵过程中形成尿素的能力弱，使成品黄酒中的氨基甲酸乙酯尽量减少。
(5)典型性。要求发酵后的黄酒应具有传统的特殊风味。
酶制剂
在现代黄酒生产中，为了降低黄酒酿造的用曲量、提高出酒率、增加风味和改善品质，常常会添加一些酶制剂以提高糖化力。
目前，广泛使用的酶制剂有α-淀粉酶、β-淀粉酶、蛋白酶、非淀粉多糖酶（如纤维素酶、β-葡聚糖酶、木糖酶等）等，大大地提高了生产效率、降低了生产成本，并形成了新型黄酒和特色黄酒品种。
